Trong thời ký của Tổng thống Suharto, Indonesia đã xây dựng được mối quan hệ mạnh mẽ với Hoa Kỳ và có những mối quan hệ khó khăn với Trung Quốc do các chính sách chống cộng của Indonesia và căng thẳng trong nước với cộng đồng người Trung Hoa. Indonesia từng chịu sự lên án quốc tế về việc sáp nhập Đông Timor vào năm 1978. Indonesia cũng là một thành viên sáng lập của Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á và do đó là một thành viên của cả ASEAN+3 và Hội nghị Cấp cao Đông Á.

Từ những năm 1980, Indonesia đã cố gắng để phát triển mối quan hệ chặt chẽ về chính trị và kinh tế giữa các quốc gia Đông Nam Á và cũng có ảnh hưởng trong Tổ chức Hợp tác Hồi giáo. Indonesia bị chỉ trích nặng nề từ năm 1975 đến năm 1999 vì cáo buộc đàn áp nhân quyền ở Đông Timor và ủng hộ bạo lực chống lại Đông Timor theo sau sự việc ly khai và độc lập của họ vào năm 1999. Từ năm 2001, chính phủ Indonesia đã hợp tác với Mỹ trong việc làm giảm chủ nghĩa Hồi giáo cực đoan và các nhóm khủng bố.